1、降解作用。細菌、真菌和藻類都可以降解有機污染物。如好氧革蘭氏陰性桿菌和球菌可以降解石油烴、有機磷農藥、氯苯等;霉菌可以降解石油烴、敵百蟲、撲草凈等;藻類可以降解多種酚類化合物。
2、共代謝。共代謝是指微生物能夠分解有機物基質，但是卻不能利用這種基質作為能源和組成元素的現象。這類微生物有假單胞菌屬、不動桿菌屬、諾卡氏菌屬、芽孢桿菌屬等。
3、去毒作用。去毒作用是指微生物通過轉化、降解、礦化、聚合等反應,改變污染物的分子結構,從而降低或去除其毒性。如有機磷農藥馬拉硫磷可以在微生物的水解作用下,被分解為含有一酸或二酸的物質。
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